Από την ΕΠΟ ανακοινώθηκε ο τρόπος διεξαγωγής της διοργάνωσης του Κυπέλλου Ελλάδας για την περίοδο 2015-16 και οι δηλώσεις συμμετοχής γίνονται μέχρι τις 7 Αυγούστου. Είναι ένας θεσμός που ο Παναιτωλικός δεν έχει να επιδείξει διακρίσεις και στην πρόσφατη διοργάνωση είχε άδοξο αποκλεισμό από νωρίς (φωτο απ’ τον αγώνα με τα Χανιά). Ωστόσο θα πρέπει να βρίσκεται στις επιδιώξεις του, ειδικά τώρα που αγωνίζεται την Σούπερ Λιγκ.
Ο θεσμός του Κυπέλλου ξεκινά 19 και 20 Αυγούστου με τέσσερις αγώνες μεταξύ ομάδων της Football League και τις ρεβάνς στις 26, 27 Αυγούστου προκειμένου να προκύψει ο απαιτούμενος αριθμός των ομάδων (32) για να διασταυρωθούν μεταξύ τους.
Στη συνέχεια η διοργάνωση θα συνεχιστεί με την δεύτερη φάση όπου οι 16 ομάδες της Σούπερ Λιγκ θα αντιμετωπίσουν τις 16 που θα έχουν μείνει μετά την πρώτη φάση του Αυγούστου από την Β΄Εθνική (Football League), ως εξής:
2η Φάση (16 αγώνες)
1η Αγωνιστική: 22, 23, 24 Σεπτεμβρίου 2015
2η Αγωνιστική: 27, 28, 29 Οκτωβρίου 2015
3η Αγωνιστική: 01, 02, 03 Δεκεμβρίου 2015
3η Φάση (8 αγώνες)
1η Αγωνιστική: 15, 16, 17 Δεκεμβρίου 2015
2η Αγωνιστική: 05, 06, 07 Ιανουαρίου 2016
4η Φάση/Προημιτελική (4 διπλοί αγώνες)
Πρώτοι αγώνες: 20, 21 Ιανουαρίου 2016
Επαναληπτικοί: 10, 11 Φεβρουαρίου 2016
5η Φάση/Ημιτελική (2 διπλοί αγώνες)
Πρώτοι αγώνες: 02, 03 Μαρτίου 2016
Επαναληπτικοί : 06, 07 Απριλίου 2016
Τελικός
Σάββατο 23 Απριλίου 2016